【源码】基于Python的SNP检测工具

项目简介

本项目是基于Python的SNP检测工具，可助力研究人员快速且精准地检测基因组数据中的单核苷酸多态性（SNP）。通过分析BAM文件中的读段序列，能识别可能的重组事件，为遗传学和生物进化研究提供有价值的见解与分析结果。

项目的主要特性和功能

• SNP检测：可从BAM文件中检测单核苷酸多态性。
• 重组事件识别：通过分析读段序列变化模式识别可能的重组事件。
• 多进程处理：支持多进程运行，提升数据处理速度。
• 可视化结果：提供可视化结果输出，方便用户直观理解数据。
• 灵活配置：支持用户自定义模式和参数，以适配不同研究需求。

安装使用步骤

1. 环境准备

确保已安装Python 3.x，并执行以下命令安装所需第三方库： shell pip install -r requirements.txt

2. 数据准备

• BAM文件：保证BAM文件已排序，并生成相应的索引文件（.bai）。
• SNP文件：准备包含SNP位点信息的文本文件，格式如下： plaintext chrom1 position1 reference_base ... chrom2 position2 reference_base ... ...

3. 运行脚本

使用以下命令运行脚本： shell python recom_cal.py --bam_file <file_name>.bam --snp_file <file_name>.txt --mode <mode_string> 可选参数： - --batch BATCH_NUM：设置Batch数量，默认为8。 - --process PROCESS_NUM：设置进程数量，默认为8。 - --visual：可视化结果。 - --test：测试模式。 - --lb LEFT_BOUNDARY：测试模式下，设置处理数据的左侧索引，默认是39836。 - --rb RIGHT_BOUNDARY：测试模式下，设置处理数据的右侧索引，默认是39840。

4. 结果输出

运行完成后，将生成两个结果文件： - result_<mode_string>_read.xlsx：包含符合条件的SNP位点及其相应reads信息。 - result_<mode_string>_read_count.xlsx：包含统计信息，显示每个SNP位点对发生切换的reads总数。

注意事项

• 确保输入的BAM文件和SNP文件格式正确且在同一文件夹下。
• 运行前检查所有依赖库是否已正确安装。
• 运行过程中不要随意中断程序，以免影响结果准确性。
• 请按说明书步骤操作，确保程序正常运行。

下载地址

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