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项目简介
本项目是基于Python的量子化学计算任务管理系统，具备图形用户界面（GUI）应用程序，用于管理量子化学计算任务，尤其适用于使用Quantum ESPRESSO软件包的计算。用户可上传vasp文件，通过界面操作开展量子化学计算，查看计算进度与结果，还能对计算结果（如能带结构和投影态密度（PDOS））进行可视化展示。
项目的主要特性和功能
- 计算任务管理：支持relax、scf等多种计算模式，用户可上传结构文件，设置计算参数并启动计算任务。
- 计算进度查看：能够实时查看计算任务的进度。
- PDOS查看：提供简单模式、详细轨道模式和自定义模式三种PDOS查看方式。
- 数据分析：在BaderCharge计算中具备数据分析功能，可提炼原子信息和电子信息，计算关联系数。
- 批量计算：支持对当前目录下的所有结构文件进行批量计算。
- 参数设置：可设置固定原子、计算用的赝势等参数。
安装使用步骤
安装依赖
- 加载必要的module：
bash module load apps/python/3.7.1 module load apps/gnuplot/5.4.6 - 创建并激活虚拟环境：
bash python3 -m venv 目录名 source 目录名/bin/activate - 安装依赖库：
bash pip install PyQt5==5.15.6 PyQt5-sip==12.10.1 Pymatgen==2022.0.17 - 安装Qt5.15.0，并将其路径添加到环境变量：
bash export LD_LIBRARY_PATH=/hpc/data/home/spst/xiety/bin/Qt5.15.0/5.15.0/gcc_64/lib:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=/hpc/data/home/spst/xiety/bin/Qt5.15.0/5.15.0/gcc_64/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/qt-3.3:$LD_LIBRARY_PATH export XDG_RUNTIME_DIR=/hpc/data/home/spst/xiety/bin/QE-batch
使用方法
- 建议使用pw.x --verson :6.8。
- 在和QE-batch相同目录下上传结构文件（POSCAR格式，fractional）。
- 在总目录建立in_{mode}文件，设置和结构信息无关的部分，注意把prefix=“BTO”。
- 若需要加spin，在总目录下创建名为SPIN的文件，输入需要加SPIN的元素及方向。
- 若需要加DFT+U，在总目录下创建名为DFT - U的文件，输入需要加U的元素及大小。
- 运行python QE-batch/APP_9-6.py，选择模式后，点击“查看计算进度”查看计算进度。
- 修改“选择计算平台”内容后，记得点击保存。
- pdos有三种查看方式，可在下拉菜单栏中选择。
- 数据分析板块在BaderCharge计算中，需先计算pdos，再点击“计算电荷”，重新打开查看badercharge页面，点击“分析数据”进入数据分析界面。
- 在time_schedule.py中设置需要计算的总目录名字和计算模式，该文件应和总目录在同一目录下。
- 可在replace.py中设置固定原子、修改计算用的赝势等参数。若需检查输入文件，可将sub_script=0。
DM平台PyQt5安装失败时的使用方法
若APP_9-6.py无法使用，可使用以下脚本：
1. 查看计算进度：
bash
python QE-batch/read_relax_E_for_UI.py {mode}
2. 计算.vasp文件：
bash
python QE-batch/replace.py {structure_name} {mode} 0 0
3. 计算当前目录下所有结构的{mode}：
bash
python QE-batch/run-all.py {mode}
或计算当前目录下未计算的.vasp文件：
bash
python QE-batch/run-all.py {mode} pv_result_out
4. 提取计算完成的结构：
bash
python QE-batch/read_qe_out_all.py
5. 自动托管计算/续算当前目录下的结构：
bash
python QE-batch/auto_cal.py {mode}
6. 加和一种元素/一种元素轨道的pdos：
bash
python QE-batch/ sum_qe_pdos.py {元素/元素轨道}
7. 自定义查看pdos：
bash
python QE-batch/ sum_qe_pdos.py "{1-2,9-10,11}-1-s"
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