【源码】基于Python的基因组分析工具集

项目简介

本项目名为ViVan，是一个基于Python的基因组分析工具集。它主要用于处理高通量测序数据，尤其是FASTQ格式的文件。该工具集提供了样本比对、数据分析、质量控制等一系列功能，在生物信息学领域，如RNA - Seq和DNA - Seq数据分析中应用广泛。

项目的主要特性和功能

1. 样本比对：借助BWA工具开展基因组比对，生成SAM/BAM文件。
2. 数据分析：运用Biopython、scipy和numpy等库进行数据分析，并生成统计报告。
3. 质量控制：提供适配器剪切和质量修剪功能，保障数据质量。
4. 配置灵活：支持自定义配置文件，便于用户按需调整分析流程。
5. 可视化：提供流程图，助力用户理解分析步骤和数据流向。

安装使用步骤

环境准备

• 确保已安装Python 3.X版本。
• 安装必要的依赖包：Biopython、scipy、numpy（可通过conda或pip安装）。
• 确保SAMtools在系统PATH下可调用。

配置文件设置

根据示例修改sample - configuration - file，配置输入样本信息、比对索引信息和筛选阈值。

运行主脚本

在工作目录下运行completeAnalysis.py，使用命令行参数指定配置文件和其他选项。示例命令：python completeAnalysis.py -c -I -a -f sample - configuration - file

查看结果

检查输出文件和命令行输出，获取分析结果和统计数据。

注意事项

• 输入文件格式：确保输入文件是FASTQ格式，且符合规范。
• 参数调整：根据实际需求调整工具参数，如适配器序列、最小匹配长度等。
• 版本兼容性：注意工具的版本兼容性，确保使用的工具与输入的FASTQ文件版本相匹配。
• 错误处理：工具在读取文件或处理数据时可能会遇到错误，应仔细检查错误信息并相应调整。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】