【源码】基于Python的基因建模管道项目

项目简介

本项目是一个基于Python的基因建模管道，针对非模式生物的基因组草图序列，利用同源搜索结果提取基因组序列，进行基因结构建模，最终输出精确基因结构模型的GFF3格式文件，可直接用于基因组可视化工具如IGV或JBrowse。

项目的主要特性和功能

1. 同源搜索：借助参数化脚本完成同源搜索，获取高相似位置信息。
2. 基因结构建模：运用基因建模软件对同源搜索结果中的基因组序列进行结构建模。
3. 结果输出：以GFF3格式输出基因结构模型，方便进行基因组可视化。
4. 自动化处理：批处理脚本可自动完成从输入到输出的全流程，简化操作。

安装使用步骤

安装依赖

确保已安装Python环境，使用pip安装Bio、argparse等必要依赖库。

运行脚本

GMBHS.py

1. 打开命令行界面。
2. 进入源码文件所在目录。
3. 按python GMBHS.py [参数]格式运行脚本，参数需依据实际情况设定，如蛋白质序列文件、基因组序列文件等。

monkyvirus_pipeline.py

1. 在命令行界面按python monkyvirus_pipeline.py [参数]格式运行脚本。
2. 参数包含蛋白质序列文件、基因组序列文件、结果输出目录等。

查看结果

运行脚本后，在指定的输出目录查看结果文件，包含tblastn的结果、基因结构模型、提取的蛋白质序列文件以及blastp的结果等。

注意：运行脚本前，要确保所有依赖库和工具正确安装且可正常使用，并根据实际需求调整脚本中的参数设置。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】