【源码】基于C语言的WAM真核生物剪接位点预测工具

项目简介

本项目是一个基于WAM（Weighted Adjacent Matrices）模型的真核生物剪接位点预测工具。在生物信息学和计算生物学领域，通过对剪接位点附近的序列模式进行统计学习，生成前景和背景概率表，以此预测可能的剪接位点，提供高效的剪接位点预测功能。

项目的主要特性和功能

1. 剪接位点预测：依据输入的基因序列，预测可能的剪接位点。
2. WAM模型分析：对剪接位点附近的序列进行统计学习，生成前景和背景的概率表。
3. 高效数据处理：采用哈希表和链表等数据结构，提升数据处理效率和准确性。
4. 性能评估：对比预测结果和实际剪接位点，计算敏感性（Sn）和特异性（Sp），评估预测性能。

安装使用步骤

1. 获取代码

• 使用git复制代码库： bash
• 或者直接下载ZIP压缩包并解压。

2. 安装依赖

• 确保系统已安装gcc编译器： bash $ sudo apt-get install gcc
• 可选：安装make工具： bash $ sudo apt-get install make

3. 编译代码

• 使用gcc编译： bash $ gcc -o WAM_Bin main.c jwHash.c -lm
• 或者使用make编译： bash $ make

4. 运行程序

编译成功后，运行生成的可执行文件： bash $ ./WAM_Bin

5. 准备数据

将训练数据和测试数据分别放入Training和Testing文件夹中，确保数据格式符合要求。

6. 查看结果

程序运行后，查看预测结果和评估指标。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】