【源码】基于C语言的蛋白质序列进化树生成系统

项目简介

本项目 Aclust 是使用 C 语言编写的程序，其核心功能是依据 Fasta 格式的蛋白质序列输入生成系统发育树。该程序会计算序列间的距离矩阵，并运用多种算法来构建和优化进化树。

项目的主要特性和功能

1. 距离矩阵计算：基于序列比对来计算两两序列间的距离矩阵。
2. 多种进化树构建：采用最近邻接法（NNJ）从距离矩阵直接构建二叉树；在通过对距离矩阵进行特征值分解得到的正交坐标空间中再次使用 NNJ 构建二叉树；对第二棵树进行递归子分支重新嵌入以生成优化后的第三棵二叉树。
3. 灵活的输入输出：输入支持预对齐（MSA）的序列，若未对齐则进行局部（SW）对齐计算；输出包含 Newick 格式的进化树、对齐文件和距离矩阵文件。

安装使用步骤

安装

假设用户已经下载了本项目的源码文件，在项目目录下，使用以下命令编译程序： cd src; make; make install

运行

运行程序的命令如下： bin/aclust -s dat/BLOSUM62.dat my.fa

命令行参数帮助

使用以下命令获取命令行参数的帮助信息： bin/aclust -h

命令行参数说明

• 必需参数：
  • -s 'path'：替换得分矩阵的文件位置，例如 dat/BLOSUM62.txt。
• 可选参数：
  • -p 'string'：所有输出文件的前缀，默认为第一个输入 Fasta 文件的名称。
  • -d integer：嵌入维度，默认为 20。
• 可选标志：
  • -m：将输入的 Fasta 文件解释为 MSA。
• 不太重要的标志：
  • -j：不写入 JSON 格式的对齐文件。
  • -nonself：不进行自我对齐。
  • -v：开启更详细的输出信息。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】