【源码】基于C++的动态图语法建模库

项目简介

DGGML是一个用于开发空间嵌入动态图语法模拟的建模库。动态图语法（DGGs）在复杂系统的模拟与建模方面应用广泛，尤其是在生物学和计算生物学领域。本库基于C++开发，能帮助用户创建、模拟和分析DGGs。它是CajeteCMA的后续项目，且使用了YAGL图库。

项目的主要特性和功能

1. 支持动态图语法，可定义系统的结构、行为和变化规则。
2. 提供图形匹配与更新功能，包含在图形系统中匹配语法规则的函数，以及执行增量更新以模拟系统演化的函数。
3. 采用智能指针和内存管理器自动管理内存，降低内存泄漏和错误风险。
4. 支持VTK格式，便于将模拟结果可视化。
5. 拥有完整的测试框架，可验证库的功能和性能。

安装使用步骤

准备工作

• 确保C++版本为C++17及以上，CMake版本为3.16及以上。
• 需使用SUNDIALS库，版本为6.7.0，若未安装会自动下载。

编译与构建

MacOS

1. 使用brew install gcc@12和brew install cmake（3.16及以上版本）安装必要工具。
2. 进入项目目录，执行mkdir build && cd build。
3. 配置编译环境，可使用CC=gcc-12 CXX=g++12 cmake..或另一种配置方式。
4. 执行make -j4进行编译，此过程可能需要几分钟。

Linux

1. 安装gcc12和CMake 3.16及以上版本，可从源码编译或使用包管理器安装。
2. 后续步骤与MacOS相同，包括复制项目、创建构建目录、配置编译环境和编译。

运行示例

编译完成后，进入examples/CMA目录，执行./mt_dgg_simulator settings.json运行示例代码。

编写与分析

参考示例代码编写自己的DGG模拟，使用提供的工具分析结果，可用VTK或Paraview进行可视化。

使用该库需要具备一定的C++编程知识，以及对动态图语法和计算生物学领域的基本了解。

下载地址

点击下载 【提取码: 4003】【解压密码: www.makuang.net】